La surveillance européenne des eaux usées reste inégalement intégrée, mais elle a été renforcée par de nouveaux cadres et obligations depuis la pandémie. Selon l’Abbott Pandemic Defense Coalition, de nombreux épidémiologistes anticipent une nouvelle crise sanitaire majeure dans les prochaines années. Un nombre croissant de systèmes publics européens font l’objet d’une surveillance épidémique des eaux usées, tandis que les diagnostics décentralisés nécessitent encore des progrès d’intégration à l’échelle continentale. Les outils technologiques existent ; le déploiement conjoint reste incomplet malgré des engagements politiques et réglementaires européens.

L’essentiel

  • Trois quarts des épidémiologistes mondiaux prévoient une crise sanitaire majeure d’ici 2050, selon l’Abbott Pandemic Defense Coalition (2024).
  • La surveillance des eaux usées, qui permet de détecter un virus avant les premières hospitalisations, se déploie progressivement dans les systèmes publics européens.
  • Les diagnostics décentralisés, tests rapides hors laboratoire central, nécessitent encore une meilleure intégration aux systèmes d’alerte précoce.
  • L’Europe dispose des technologies nécessaires ; Le problème porte sur l’interopérabilité, l’exhaustivité et la mise en œuvre des cadres existants, plutôt que sur l’absence totale de cadre commun.
  • L’Accord sur les pandémies a été adopté en mai 2025 ; les négociations ultérieures portent notamment sur son annexe Pathogen Access and Benefit Sharing et sa mise en œuvre.

La détection précoce reste fragmentée, cinq ans après la leçon Covid

Le Covid-19 a révélé une fragilité structurelle : les États disposaient de mécanismes européens communs d’alerte et de surveillance, bien que leurs capacités nationales aient été hétérogènes. L’architecture a connu des changements substantiels, même si son intégration et sa couverture restent incomplètes.

Le problème central est la fragmentation. Les États membres exploitent leurs réseaux nationaux dans un cadre européen coordonné de surveillance et de déclaration. Quand un nouveau pathogène émerge dans une région frontalière, les délais de remontée d’information aux autorités européennes varient selon les capacités nationales. Les retards de notification peuvent aggraver le risque de propagation, parmi de nombreux autres facteurs.

La surveillance des eaux usées illustre bien cette situation. Cette méthode, qui consiste à détecter des traces virales dans les effluents urbains avant que les patients consultent un médecin, peut anticiper une vague de sept à quatorze jours sur les indicateurs cliniques. Quelques pays européens l’ont déployée à grande échelle, notamment les Pays-Bas, l’Autriche et Malte, tandis que d’autres régions étendent progressivement leur couverture de surveillance, selon l’étude publiée en septembre 2026 dans Frontiers in Public Health. Les capteurs existent et les protocoles d’analyse sont validés.

La barrière est organisationnelle et financière.

Les diagnostics décentralisés posent le même problème sous une autre forme. Un diagnostic décentralisé, c’est un test qui peut être interprété sur place, dans une pharmacie, un cabinet médical, une école, sans attendre les résultats d’un laboratoire central. Ces tests existent pour de nombreux pathogènes. Mais leur déploiement suppose des chaînes logistiques, des formations, des standards de validation, et surtout des systèmes d’information capables de remonter les résultats en temps réel vers les autorités sanitaires. Le rapport IPPS 2025 identifie des vulnérabilités mondiales persistantes dans la préparation et le développement des contre-mesures médicales.

Un délai de détection peut être aggravé par une intégration incomplète des résultats de diagnostics locaux et par d’autres facteurs de surveillance, de test et de notification.

La persistance des silos nationaux après le traumatisme de 2020

La santé relève largement des États membres, mais l’Union possède des compétences d’appui et de coordination importantes face aux menaces sanitaires transfrontières. Les États membres ont accepté une coordination importante via l’ECDC ; ils n’ont pas résisté à toute surveillance partagée obligatoire, même si l’étendue des données et l’exécution pratique varient. Le traité limite l’harmonisation générale en santé, mais il autorise des mesures européennes de suivi et d’alerte face aux menaces transfrontières.

Partager des données de santé en temps réel soulève des questions de souveraineté, de confidentialité, et parfois de compétition économique. Plusieurs États membres craignent que des données précoces sur une épidémie naissante n’affectent leur réputation touristique ou commerciale avant même que le risque soit confirmé. Les réformes de gouvernance existent, mais leur déploiement et leur intégration peuvent encore être renforcés.

L’ECDC a vu son mandat renforcé en 2022. Au-delà de fonctions consultatives, il exerce la coordination, la surveillance, l’analyse des risques et l’appui technique. Des obligations structurées de déclaration de données de surveillance existent, mais la transmission en temps réel de tous les résultats diagnostiques reste incomplète. Cette lacune constitue le frein institutionnel majeur.

Ce blocage n’est pas propre à l’Europe. À l’échelle mondiale, l’OMS fait face au même problème. Son règlement sanitaire international, qui impose théoriquement aux États membres de notifier les urgences de santé publique dans les 24 heures, a été respecté de façon très inégale pendant la pandémie de Covid. La révision de ce règlement, finalisée en 2024, apporte des améliorations, mais les États conservent des compétences importantes sur les données de santé, même si celles-ci n’empêchent pas les obligations européennes de partage de données de surveillance.

Les capacités technologiques actuelles, indépendantes d’un accord politique

L’état des outils disponibles contraste avec la lenteur de la gouvernance. Plusieurs innovations technologiques permettraient, si elles étaient déployées à grande échelle, de réduire substantiellement le délai de détection.

La surveillance génomique des eaux usées en est l’exemple le plus documenté. En séquençant l’ADN et l’ARN présents dans les effluents urbains, il est possible de détecter non seulement des virus connus, mais des variants nouveaux, voire des pathogènes encore non identifiés. Les Pays-Bas ont développé cette capacité pendant la pandémie de Covid ; le réseau d’échantillonnage est national, mais depuis le 7 juillet 2025, une part croissante des stations ne fait plus l’objet que d’une mesure hebdomadaire, tandis que le réseau continue de recevoir au moins un échantillon hebdomadaire de chaque station ; la PCR de variant a été utilisée comme indicateur rapide de circulation, complétée par le séquençage pour identifier les variants. Ce modèle est reproductible. Son déploiement à l’échelle européenne pourrait réduire les impacts économiques d’une réponse tardive à une pandémie, comme l’a montré le Covid.

Les diagnostics de point de soin représentent une deuxième rupture disponible. Des tests moléculaires rapides, parfois multiplex, peuvent être déployés dans certains sites de soins périphériques ou de proximité, selon le test, le pathogène et les capacités locales. Leur limite actuelle est une intégration européenne des données qui nécessite un renforcement et une meilleure standardisation, malgré des plateformes existantes. Un test positif effectué dans une pharmacie de Varsovie ne remonte pas automatiquement vers l’ECDC. Des accords et standards existent déjà, mais leur extension aux résultats de diagnostics de proximité et leur interopérabilité restent à renforcer.

L’intelligence artificielle de prévision épidémique constitue un troisième outil. Des modèles entraînés sur des données de mobilité, de recherche internet, de données hospitalières et de surveillance génomique pourraient potentiellement détecter des signaux d’alerte en amont des premières hospitalisations. Plusieurs équipes universitaires, notamment à l’École polytechnique fédérale de Zurich et à l’Institut Pasteur, ont démontré la faisabilité de ces approches pendant le Covid. Mais une gouvernance européenne de surveillance existe déjà, bien qu’elle doive encore être étendue et adaptée à certaines données et applications d’IA. On peut se reporter, à ce sujet, à ce que la Chine a engagé en matière de dépistage précoce et de suivi numérique des maladies chroniques : la démonstration que l’infrastructure de données précède toujours l’algorithme.

Trois trajectoires pour l’Europe d’ici 2030

Trois chemins semblent ouverts pour la prochaine décennie, avec des implications très différentes selon la volonté politique mobilisée.

Le premier est le statu quo. Les silos nationaux se maintiendraient, la couverture de surveillance des eaux usées resterait hétérogène et fragmentaire, et les diagnostics décentralisés demeureraient largement déconnectés des systèmes d’alerte. Dans ce scénario, un prochain foyer émergent se propagerait avant que les mécanismes de détection actuels le signalent aux autorités. Les délais de détection influencent significativement la propagation et l’ampleur d’une épidémie. Ce scénario n’est pas une prédiction : c’est la ligne de base si rien ne change.

Le deuxième chemin passe par un accord de financement transfrontalier, porté par le G20 et l’OMS. L’idée, discutée depuis 2022 dans les négociations du Pandemic Agreement de l’OMS, consiste à créer un mécanisme de financement dédié aux diagnostics régionaux décentralisés dans les pays à faible capacité, et à étendre en parallèle la couverture de la surveillance des eaux usées en Europe. Ce scénario supposerait également un renforcement du réseau des épidémiologistes de terrain formés dans le cadre du programme FELTP (Field Epidemiology Training Program), actuellement actif en Afrique subsaharienne mais sous-financé.

Ce chemin repose sur des engagements volontaires et des mécanismes de financement existants, sans révision des traités européens. Sa limite tient à la nécessité d’améliorer la coordination et l’intégration des données entre États membres.

Le troisième chemin est celui de l’intégration des outils d’intelligence artificielle de prévision dans les systèmes publics de surveillance. Il est techniquement le plus ambitieux et politiquement le plus délicat, car il requerrait un renforcement du partage de données de santé entre États. Ce scénario pourrait améliorer les délais de détection comparé aux capacités actuelles. Mais il demande une gouvernance des données à renforcer et à étendre à l’échelle européenne. L’adoption de l’IA dans les systèmes publics de santé européens reste d’ailleurs inégale et concentrée dans les pays les mieux dotés, un phénomène que le JdP a documenté pour d’autres secteurs, notamment l’adoption de l’IA dans les grandes entreprises.

Ces trois scénarios ne s’excluent pas mutuellement. La couverture wastewater peut progresser sans attendre un accord OMS. Les diagnostics décentralisés peuvent être connectés à des plateformes de surveillance nationale avant d’être reliés à une plateforme continentale. Le déploiement dépend de la mobilisation des engagements budgétaires et de la coordination entre États membres.

Les acteurs qui avancent, et ce qu’ils font concrètement

Quelques initiatives méritent d’être nommées parce qu’elles montrent ce qui est faisable.

La Commission et son Joint Research Centre ont animé le dispositif européen depuis 2021 ; l’ECDC a engagé son intégration structurée ultérieurement. En 2022, les 27 États membres avaient pris des mesures de surveillance, avec une intensité et une couverture variables. Il a permis de détecter plusieurs signaux précoces pendant la vague Omicron et de suivre la progression des variants XBB et JN.1 avant que les données hospitalières ne confirment leur circulation. C’est un succès partiel : le réseau manque de standardisation entre pays, et plusieurs États membres du Sud et de l’Est n’y participent pas encore. L’ECDC travaille à harmoniser les protocoles d’analyse ; les résultats de cette harmonisation devraient être publiés d’ici fin 2026.

L’Abbott Pandemic Defense Coalition rassemble des acteurs publics et privés, industriels du diagnostic, gouvernements, fondations philanthropiques, pour financer des diagnostics décentralisés dans les pays à faible revenu et modéliser comment étendre cette couverture aux zones périphériques des pays riches. Son rapport 2024 a estimé que de nombreux épidémiologistes anticipent une crise sanitaire majeure et formulé des recommandations concrètes sur le financement d’un réseau mondial de points de diagnostic décentralisés. Ces recommandations alimentent actuellement les négociations du Pandemic Agreement à Genève.

L’OMS négocie depuis 2022 cet accord international sur la prévention, la préparation et la riposte aux pandémies. Les pourparlers ont achoppé plusieurs fois sur le partage des données et l’accès équitable aux vaccins. L’OMS a poursuivi les travaux sur un projet en mai 2024 ; l’Accord sur les pandémies a été adopté le 20 mai 2025. En 2025, les négociations ont porté sur l’annexe PABS (Pathogen Access and Benefit Sharing) de l’Accord de l’OMS sur les pandémies, concernant l’accès aux matériels pathogènes et aux informations de séquençage ainsi que le partage des avantages. L’horizon de 2027 pour un accord opérationnel est le signal à surveiller.

La santé mondiale ne progresse pas uniformément, et les capacités de surveillance épidémique ne sont pas indépendantes des systèmes de santé dans leur ensemble. Les tensions sur les personnels de santé, les pénuries d’infirmières, par exemple, qui affectent aussi les capacités de surveillance locale, compliquent le déploiement de tout réseau de détection précoce qui suppose des agents formés sur le terrain.

Les dix-huit prochains mois comme indicateur

Trois signaux permettront de juger, d’ici fin 2027, si l’Europe a changé de trajectoire.

Le premier est le taux de couverture de la surveillance des eaux usées. Si ce taux progresse significativement d’ici 2027, cela signifiera que les engagements pris depuis 2022 se traduisent en infrastructure réelle. Si la stagnation se confirme, le premier scénario, le statu quo, prendra de la consistance.

Le deuxième signal est l’avancement du Pandemic Agreement à l’OMS. En 2025, les négociations ont porté sur l’annexe PABS de l’Accord de l’OMS sur les pandémies, concernant l’accès aux matériels pathogènes et aux informations de séquençage ainsi que le partage des avantages. Un accord PABS limiterait certains effets de la fragmentation du partage des agents pathogènes et des séquences, sans abolir la souveraineté des États.

Le troisième signal est budgétaire. Plusieurs États membres ont annoncé des investissements dans leurs capacités de surveillance épidémique depuis 2022 ; les engagements réels, ligne à ligne dans les budgets nationaux, sont plus difficiles à vérifier. L’ECDC publie chaque année une évaluation des capacités de santé publique des États membres au titre du Règlement sanitaire international : l’édition 2026 sera un test de vérité.

De nombreux épidémiologistes mondiaux estiment qu’une nouvelle crise sanitaire majeure est probable dans les prochaines années. L’enjeu pour l’Europe est de disposer, au moment où elle surviendra, d’une architecture capable de détecter un foyer en quelques jours plutôt qu’en quelques semaines. Les délais de détection influencent significativement les impacts d’une épidémie. Les outils pour y parvenir sont disponibles.

Le financement est mobilisable. Ce qui manque relève davantage de l’exhaustivité, de l’interopérabilité et de l’élargissement des données partagées que d’une absence totale d’accord entre États.

Sources

  1. Frontiers in Public Health, septembre 2026, Pandemic preparedness and early detection in European public health systems
  2. Abbott Pandemic Defense Coalition, Rapport 2024 (Pandemic Defense Coalition, sans URL garantie)
  3. IPPS, Global Diagnostics Gap Assessment 2025 (Initiative mondiale de préparation aux pandémies et à la santé, sans URL garantie)
  4. GAVI, Rapport sur les systèmes de surveillance épidémique 2026 (sans URL garantie)
  5. ECDC, Réseau européen de surveillance des eaux usées, rapports 2021-2025 (European Centre for Disease Prevention and Control)
  6. OMS, Pandemic Agreement, texte partiel adopté mai 2024 (Organisation mondiale de la santé)